传染性疾病仍然是威胁我国公共健康、国民经济、社会稳定与国家安全生物的重要因素。目前，我国聚焦传染病防控关键领域，通过核心技术突破和关键技术集成，使我国传染病科学防控自主创新能力达到国际先进水平。我国传染病防控体系建立了集成创新性的传染病防控综合技术平台，从诊、防、治方面加强技术创新和防控机制创新，初步形成了国际先进水平的突发急性传染病防控技术体系。

清华大学医学院于2008年成立“清华大学艾滋病综合研究中心”，标志着清华大学传染病的开端。依托医学院，先后引进一批在传染病研究领域具有国际竞争力的人才，组建了高水平的研究团队，并于2013年成立“清华大学医学院传染病研究中心”。2024年，清华大学基础医学院成立，以此为契机，组建“清华大学基础医学院传染病中心”。目前，中心拥有12个课题组，聚焦重大传染病的基础科学问题，结合公共健康和临床研究，致力于孵化原创诊断方案、疫苗和药物，逐步发展成为创新型研究机构。研究领域涵盖传染病基础研究、抗感染免疫研究、抗感染药物及疫苗研发、新发突发传染病诊断以及传染病流行病学研究等方面，重点探索重大传染病的感染及免疫机制、病原学及遗传进化、疫苗及药物研发、检测技术等重要科学问题，深入探讨细菌和病毒病原体的致病机制及相关防控手段。目前，中心在重大传染病的传播、致病机理和防控方面取得多项重要突破。传染病中心致力于将最新的基础研究成果转化临床应用，为我国重大传染病的诊断、预防和治疗提供科技支持。

2020年3月2日，习近平总书记亲临清华大学视察科研抗疫工作，并对传染病中心给予高度肯定，彰显清华传染病研究的声望和影响力。在学校的大力支持下，中心近年来积极推动与传染病研究相关的重要设施建设，包括生物安全二级实验动物平台、蛋白质测试平台及小分子药物筛选平台等。目前，正在筹建生物安全三级实验室平台，以提升我国在重大传染病研究方面的基础条件。